Одним із напрямів розвитку біотехнологій в аграрному секторі є органічне землеробство. Департаментом впроваджуються ідеї біоорганічного рільництва, за якого застосування хімічних добрив та пестицидів допускається мінімально, або зовсім не дозволяється, - і це є основною гарантією екологічної безпеки навколишнього середовища.

У Вінницькій  області за участі профільного департаменту,  Інституту кормів та сільського господарства Поділля НААН України, міжнародного сільськогосподарського кластеру «Дністер» створено платформу щодо поширення  досвіду органічного виробництва та впровадження органічних технологій з науковим супроводом.

Органічне виробництво в області здійснюють 55 операторів на загальній площі 4 036  га, з яких 951 га є сільськогосподарськими землями з органічним статусом.

Впровадження  технологій органічного землеробства може допомогти утриматись на плаву невеликим фермерським господарствам, вирішити проблему зайнятості сільського населення,  сприятиме залученню інвестицій у АПК області та забезпеченню населення якісною, екологічно чистою, практично відсутньою на внутрішньому ринку продукцією.